Deep Patterns

Наш проект «ERAS — Экспертная система оценки рисков кардиохирургических операций» занял первое место в конкурсе стартапов в рамках форума БИОТЕХМЕД 2020.

15-16 октября 2020 года в Геленджике состоялось главное событие года в области биотехнологий — V ежегодный форум БИОТЕХМЕД. Ключевая тема форума — российское здравоохранение в эпоху постковида.

Участники обсудили вопросы иммунизации и производства вакцин, главные тенденции развития биотехнологий, глобальную кооперацию усилий стран-участников ЕАЭС в промышленной медицине. В конференции приняли участие руководители федеральных и региональных ведомств, представители крупного и среднего бизнеса, государственных институтов развития и научного сообщества, частные инвесторы, предприниматели. В 2020 году программа объединила в себе пленарные заседания, круглые столы, тематические сессии, закрытые совещания.

В конференции приняли участие Министр промышленности и торговли Российской Федерации Денис Мантуров, Министр здравоохранения Российской Федерации Михаил Мурашко, генеральный директор Госкорпорации Ростех Сергей Чемезов, губернатор Краснодарского края Вениамин Кондратьев, руководитель ФМБА России Вероника Скворцова.

В конкурсе, прошедшем в рамках форума БИОТЕХМЕД, приняли участие разработчики новых лекарственных препаратов, медицинского оборудования, диагностических тест-систем и программного обеспечения медицинского назначения. Почти половина участников — это коммерческие компании, более сорока заявок направили университеты, восемь проектов подготовили научно-исследовательские институты. Всего на конкурс инновационных фармацевтических и медицинских разработок «Стартап-ралли 2020» поступило 133 заявки на участие. По результатам предварительного отбора экспертам было передано 108 проектов, разработки оценивало 16 членов жюри.

16 октября 2020 года состоялся финал конкурса инновационных разработок в сфере новых лекарственных препаратов и медицинских изделий «Стартап-ралли». По каждому направлению конкурса прошли питч-сессии: «Инновационные лекарственные средства», «Цифровая медицина» и «Медицинские изделия». В сессиях приняли участие 22 проекта из семи регионов России: были представлены новые биотехнологические препараты, продукты генной инженерии, нанотехнологии, медицинское оборудование и программное обеспечение.

Наш проект «Проект „ERAS — Экспертная система оценки рисков кардиохирургических операций“», который компания Дип Паттернс разработала совместно с Дмитрием Курапеевым (Зам. ген. директора по информационным технологиям и проектному управлению ФГБУ «Федеральный медицинский исследовательский центр им. В. А. Алмазова», канд. мед. наук, доцент), стал победителем очного тура конкурса по направлению «Медицинские изделия», в котором приняли участие 6 компаний-финалистов из 48 поданных проектов по данному направлению. Этот успех обусловлен двумя обстоятельствами. С одной стороны, была собрана уникальная обширная база клинико-экспериментальных данных (2236 пациентов, оперированных по поводу ИБС в НМИЦ им. В. А. Алмазова, который оценивались по 127 показателям). С другой — для анализа собранных данных применялась не имеющая мировых аналогов технология построения предиктивных моделей, основанная на методе структурного резонанса в многомерных данных SRMD (разработка ООО «Дип Паттернс»).

Ранее технология SRMD была признана лучшим инновационным продуктом в конкурсе правительства Санкт-Петербурга 2015, затем мы одержали победу на Open Innovations Startup Tour 2019 в треке «Биотехнологии в медицине и сельском хозяйстве».

Выход в свет новой книги В. Дюка о логическом анализе данных, назначение экспертом рамках федерального проекта «Цифровые технологии» по направлению «Нейротехнологии и ИИ» и участие в международной конференции.

В ноябре 2019 года вышла в свет новая книга научного руководителя Дип Патернс В.А. Дюка «Логический анализ данных» (издательство «Лань»).

Учебное пособие предназначено для студентов старших курсов и магистров, а также аспирантов, научных работников и других специалистов, изучающих современные методы анализа данных.

Также в ноябре этого года Вячеслав Дюк назначен экспертом в рамках федерального проекта «Цифровые технологии» по направлениям «Нейротехнологии и искусственный интеллект».

И еще одно значимое событие: 12-13 ноября 2019 г. Вячеслав Дюк принял участие в международной научно-практической конференции «Транспорт России: проблемы и перспективы — 2019».

В докладе Вячеслава Анатольевича была рассмотрена типология методов машинного обучения, основанная на интенсиональном и экстенсиональном представлении знаний. Это два фундаментальных способа отражения объектов мира и отношений между ними. Были охарактеризованы достоинства и недостатки методов экстенсионального подхода. Обоснованы пути развития экстенсиональных методов с применением контекстно-зависимых локальных метрик.

Модели машинного обучения, основанные на экстенсиональном подходе, представляют собой ансамбли объектов с привязанными к ним локальными контекстно-зависимыми метриками, что эквивалентно ансамблям линейных решающих правил. Указываются вопросы, которые необходимо исследовать для реализации таких моделей. Это алгоритмы построения контекстно-зависимых локальных метрик и методы построения композиции прецедентов по матрицам близости с нарушением метрических отношений.

19 апреля 2019 года в Санкт-Петербурге на площадке технопарка «ЛЕНПОЛИГРАФМАШ» состоялось заключительное состязание конкурсантов крупнейшего в России и странах СНГ проекта по поиску перспективных инновационных стартапов Open Innovations Startup Tour.

Как отметили организаторы состязания, конкурс получился насыщенным как по количеству участников (было заявлено 140 стартапов), так и по накалу борьбы. Вице-губернатор Санкт-Петербурга Евгений Елин назвал Стартап-тур «очень важным мероприятием для города».

Наша компания приняла участие в треке конкурса «Биотехнологии в медицине и сельском хозяйстве» с проектом «DP4SAR — инновационный инструмент виртуального скрининга для направленного дизайна лекарств». Этот проект нацелен на решение фундаментальной научной и практической проблемы современности — раскрытие закономерностей строения химических структур и взаимосвязей «структура-активность» (structure—activity relationship SAR).

В докладе компании Дип Паттернс, который представил генеральный директор Андрей Кончаков, была раскрыта причина недостаточной эффективности применения известных математических методов SAR как с точки зрения формального критерия точности моделей, так и с позиции интерпретируемости этих моделей, что ограничивает возможности их использования для направленного дизайна лекарств. Было показано, что наиболее адекватны системной сложности объектов анализа алгоритмы поиска логических закономерностей в экспериментальных данных. Но реализация известных алгоритмов связана с сильными ограничениями на глубину анализа, так как задача поиска так называемых «сильных» логических правил в данных является экстремальной комбинаторной задачей и сопровождается так называемым комбинаторным взрывом.

В проекте DP4SAR используется инновационный метод поиска логических закономерностей в данных. Алгоритмам, основанным на методе SRMD, за счет резонансных явлений, организуемых в данных с помощью специальных процедур, удается выявлять в многомерных разнотипных данных так называемые «сильные» (наиболее полные при заданной точности) логические правила, отражающие сложные системные связи в данных, не доступные для обнаружения с помощью традиционных алгоритмов (деревья решений, ограниченный перебор). Метод SRMD существенно превосходит известные методы поиска логических взаимосвязей в данных из области машинного обучения по точности и глубине анализа. Важной особенностью является возможность естественной организации высокопараллельных вычислений, чем во многом определяется успешность применения метода в области Больших Данных (Big Data). Указанными свойства метода определяется высокая эффективность применения разработок компании Дип Паттернс в решении задач современной науки о данных в целом и биоинформатики в частности.

В докладе были представлены программные прототипы DP4SAR и приведены примеры их применения для решения задачи SAR, которые продемонстрировали конкурентные преимущества DP4SAR: более высокую точность и производительность, а также интерпретируемость результатов, которая позволяет осуществлять направленный дизайн лекарств.

По результатам голосования авторитетной экспертной комиссии наш проект DP4SAR занял первое место в треке «Биотехнологии в медицине и сельском хозяйстве». Участники компании Дип Паттернс получили приглашения на Startup Village — самую крупную в России и СНГ стартап-конференцию, которая пройдет 29-30 мая 2019 г. в инновационном центре Сколково.

16 января 2019 года научный руководитель ООО «Дип Паттернс» Вячеслав Дюк выступил на заседании в Доме ученых им. Горького (Санкт-Петербург) с докладом «Логические методы машинного обучения». Доклад был представлен на секции проблем транспорта и транспортных сооружений.

В докладе сначала была обрисована общая картина современных методов машинного обучения (МО), которым, как известно, отводится важная роль в развитии систем искусственного интеллекта (ИИ). Было отмечено, что многие методы не имеют прозрачной интерпретации. Это, например, дискриминантный анализ (в условиях неоднородности выборок), методы нейросетевого подхода, метод ближайших соседей, метод опорных векторов и др. Как показала практика последнего десятилетия, в ряде задач, требование интерпретируемости результатов вообще стало отступать на задний план. Акцент стал делаться на стабильности получаемых решений. На передний план начали выходить методы работы с комитетами (ансамблями), содержащими сотни и тысячи моделей, построенных с помощью разных методов и алгоритмов. Как выяснилось, подобные комитеты (часто создаваемые с помощью процедур бустинга, бэггинга, метода случайных подпространств и стекинга), состоящие даже из «слабых» алгоритмов, способны не уступать по точности изолированным «сильным» алгоритмам, нацеленным на поиск глубоких закономерностей в массивах данных.

В частности, 13 ноября 2017 года в New York Times был опубликован список новых технологий, которые изменят мир. На первом месте в этом списке заявлены методы искусственного интеллекта (ИИ) в контексте их приложений в здравоохранении. Вместе с тем, акцент в утверждении о перспективности методов ИИ делается на применении нейросетей глубокого обучения, опираясь на достижения таких нейросетей, главным образом, для распознавания визуальных образов. При таком взгляде на ИИ, упускается из виду тот факт, что для решения многих задач, например, медицинской диагностики, требуется не только формальный результат (например, точность диагностической модели), но и интерпретация результата, его объяснение.

Отсутствием интерпретации грешит не только нейросетевой подход. Многие другие современные методы ИИ основываются на создании больших коллективов «слабых» по отдельности алгоритмов, реализующих так называемый «роевой» интеллект и приводящих к модели в виде «черного ящика», ничего не дающего для понимания сущности диагностических и прогностических решений.

Таким образом, в области МО за последнее десятилетие произошли существенные изменения. Поиск индивидуально сильных методов и алгоритмов для основной массы специалистов МО стал не столь привлекательным — их интересы сместились в сторону умения работать с большими коллективами «слабых» методов и алгоритмов на больших объемах данных. Эта тенденция современного МО нуждается в самостоятельном рассмотрении. Здесь наблюдается явное отступление от изначальных идеалов машинного обучения, связанных с попытками извлечения знаний из данных, а не построением моделей в виде «черных ящиков».

В то же время проблема построения «сильных» моделей не потеряла своей актуальности. Очевидно, сильные модели более пригодны для интерпретации, и объединяются в менее громоздкие коллективы для достижения эффективных результатов в задачах классификации и прогнозирования. При этом особую ценность имеют методы логического анализа данных, отражающие взаимосвязи в данных в виде «если-то» (if then) правил и позволяющие эксплицировать и понять суть получаемых моделей.

Непреходящая популярность логических методов иллюстрируется, например, опросами специалистов в области науки о данных, регулярно проводимых на портале www.kdnuggets.com. Из этих опросов следует, что современные программные средства в области машинного обучения используют большой набор разнообразных процедур и специальные средства для построения и настройки ансамблей решающих правил. Однако методы логического анализа данных продолжают входить в первую тройку, которая по частоте использования существенно опережает все остальные методы.

Далее в докладе В. Дюка были охарактеризованы наиболее распространенные методы поиска в данных логических правил — деревья решений (классификаций) — и показано, что с помощью этих методов можно получать вменяемые решения только в случае незатейливых структур данных. Затем в докладе был рассмотрен другой популярный подход к построению логических правил как к задаче селекции бинарных признаков (элементарных предикатов), который на практике реализуется с помощью процедур неглубокого ограниченного перебора этих элементарных предикатов. Было уделено внимание эволюционному подходу (в основном в виде генетических алгоритмов).

Основной акцент в докладе был сделан на достижениях компании Дип Паттернс, продвигающей инновационную технологию SRMD (Structural Resonance in Multidimensional Data), не имеющую мировых аналогов и основанную на авторской концепции контекстно-зависимых локальных метрик и эффекте структурного резонанса в многомерных данных. Особую ценность SRMD представляет для аналитики в областях, для которых характерна сложность системных связей, где не справляются традиционные методы машинного обучения.

Характеристика системы Deep Data Diver, реализующей технологию SRMD в задачах классификации многомерных данных:
1. Точность — для данных со сложными взаимосвязями (биоинформатика, медицина, хемометрика) система Deep Data Diver показывает существенно более высокую точность. Это особенно сильно проявляется в увеличении показателя AUC[CROC] — площади под концентрированной кривой ошибок.
2. Вычислительная сложность — Deep Data Diver — O(PN), где P — количество признаков; N — количество объектов в матрице данных.
3. Интерпретируемость результата — система Deep Data Diver позволяет находить в многомерных данных сильные (наиболее полные при заданной точности) логические правила, которые значительно лучше интерпретируются.

В заключение доклада был приведен ряд примеров решения практических задач, в том числе относящихся к проблемам транспорта, поиска длинных ассоциативных цепочек в данных и др.

Август 2016 В конце июля компания Дип Паттернс отметила свой второй день рождения. Традиционно в такие праздники принято подводить итоги работы и строить планы на будущее. В период с июля 2015 по июль 2016 год было проведено много мероприятий, которые достаточно подробно освещались в новостях нашей компании.

Среди наиболее значимых событий года 2015 года — это участие в конкурсе лучших инновационных проектов в сфере науки и высшего профессионального образования, который проводил Комитет по науке и высшей школе Правительства Санкт-Петербурга. Итоги конкурса были подведены 7 октября 2015 г. Мы стали победителями в номинации «Лучший инновационный продукт» с проектом «Разработка продукта Deep Data Diver, реализующего технологию поиска скрытых закономерностей в многомерных данных с использованием эффекта информационного структурного резонанса».

В октябре 2015 года по инициативе руководителей Санкт-Петербургского отделения Motorola Solutions были организованы и проведены деловые встречи и совещание с участием CTO Motorola Solutions. Стороны совещания выразили заинтересованность в совместном развитии инновационных подходов науки о данных (Data Science) в контексте современной концепции больших данных (Big Data) и интернета вещей (Internet of Things, IoT).

В декабре 2015 года, как уже отмечалось в ленте новостей, наш проект «DP4SAR — инновационный инструмент раскрытия закономерностей строения химических структур и взаимосвязей „структура-активность“ для направленного дизайна лекарств» успешно прошел экспертизу кластера биомедицинских технологий (БМТ) Сколково. Таким образом, с декабря 2015 года ООО «Дип Паттернс» является участником 2-х кластеров Сколково — информационных технологий (ИТ) и биомедицинских технологий (БМТ). Данное сочетание отражает стратегическую технологическую тенденцию XXI века — BioInfoCognito (BIC), которая объединяет биотехнологии, информационные и когнитивные технологии.

В начале 2016 года наша компания получила грант по программе СТАРТ Фонда Бортника. Полученные средства направлены на обеспечение разработки программного комплекса Deep Data Diver, реализующего технологию поиска скрытых закономерностей в многомерных данных с использованием эффекта структурного резонанса.

За отчетный период компания Дип Паттернс приняла участие в 2-х конкурсах. Первый конкурс был посвящен проблемам анализа Больших данных в биомедицине и организован кластерами БМТ и ИТ фонда Сколково. Наш проект «DP4SAR — инновационный инструмент виртуального скрининга для направленного дизайна лекарств» по результатам экспертизы вошел в состав финалистов данного конкурса. Другой конкурс проводился СК «Сбербанк Страхование», дочерней компанией Сбербанка России. Здесь мы также вошли в число финалистов с проектом «Инновационная технология анализа больших данных SRMD (Structural Resonance in Multidimensional Data)» по направлению «Machine Learning». На встрече топ-менеджеров СК «Сбербанк Страхование» и ген. директора Дип Паттернс Андрея Кончакова, состоявшейся 3 июня 2016 года, были обсуждены возможности и перспективы применения технологии анализа больших данных SRMD в бизнес-аналитике страховой компании.

В июле 2016 года по инициативе китайской стороны в Санкт-Петербурге состоялось рабочее совещание коллектива Дип Паттернс с представителем Huawei Technologies Co. Ltd — одной из крупнейших китайских компаний в сфере информационно-коммуникационных технологий. На совещании были затронуты различные вопросы фундаментальных теоретических и практических проблем современного анализа больших данных. Стороны выразили удовлетворение состоявшимся контактом и наметили шаги по дальнейшему развитию сотрудничества.

Планы нашей компании остаются неизменными — это внедрение продукта Deep Data Diver и коммерциализация результатов проекта в областях, для которых актуален поиск и анализ скрытых закономерностей в больших данных, проведение дальнейших переговоров с потенциальными инвесторами и партнерами о взаимодействии для реализации поставленных задач.

10.02.2016 Полученные средства будут направлены на обеспечение разработки программного комплекса Deep Data Diver, реализующего технологию поиска скрытых закономерностей в многомерных данных с использованием эффекта структурного резонанса. Также в настоящее время оформляются заявки на привлечение внебюджетного софинансирования, необходимого для реализации проекта. Проводятся переговоры с потенциальными инвесторами и партнерами о взаимодействии в области внедрения и продвижения программного продукта.

Дальнейшая коммерциализация результатов проекта предполагает внедрение продукта Deep Data Diver в областях, для которых актуален поиск и анализ скрытых закономерностей в больших данных. Прежде всего, к таким областям относятся биоинформатика и хемометрика (аннотирование генома, обнаружений связей «структура-свойство»), для которых характерна сложность системных связей. Разрабатываемый продукт также востребован в таких областях как маркетинговые исследования, банковское дело, CRM, медицинская диагностика, телекоммуникации и др.

26.12.2015 Очередной проект ООО «Дип Паттернс» успешно прошел экспертизу инновационного центра «Сколково», на этот раз проект был выдвинут для кластера биомедицинских технологий (БМТ) Сколково.

Название проекта «DP4SAR — инновационный инструмент раскрытия закономерностей строения химических структур и взаимосвязей „структура-активность“ для направленного дизайна лекарств».

Проект направлен на решение фундаментальной научной и практической задачи современности — раскрытие закономерностей строения химических структур и взаимосвязей «структура-активность» (SAR). Использование математических методов анализа взаимосвязей SAR в фармацевтике позволяет виртуально с помощью компьютера выявлять химические соединения-лидеры с заданными свойствами в огромном массиве соединений-кандидатов. Это обеспечивает снижение рисков для пациентов и существенно уменьшает стоимость и продолжительность разработки новых лекарственных препаратов.

Вместе с тем, результат применения известных математических методов SAR нередко бывает недостаточно точен, так как эти методы не всегда адекватны структурной сложности объектов анализа (высокой размерности, разнотипности описания, полиморфности прогнозируемых свойств). Кроме того, математические модели SAR часто не имеют интерпретации, что ограничивает возможности их использования для направленного дизайна лекарств.

Для повышения эффективности решения задач SAR в проекте реализуется не имеющая аналогов инновационная технология DP4SAR (Deep Patterns for SAR), основанная на авторском методе SRMD (Structural Resonance in Multidimensional Data). Уникальные возможности SRMD находить в многомерных данных сильные и сложные логические ассоциации позволяют по-новому использовать известные системы дескрипторов химических соединений, оперировать новыми системами дескрипторов и создавать высокоточные и интерпретируемые модели SAR.

Основная целевая аудитория для результатов проекта — компании, занятые в разработке лекарств и оценке свойств химических соединений. Также сюда относятся консорциумы с участием представителей университетов, малых инновационных предприятий, фармацевтической и парфюмерно-косметической промышленности в области биоинформационных ресурсов. Интерес к проекту могут проявлять инвесторы в области биотех, life science и фарма.

Эксперты Сколково положительно оценили существо, инновационность и потенциал проекта DP4SAR. С декабря 2015 года ООО «Дип Паттернс» становится участником 2-х кластеров Сколково — информационных технологий (ИТ) и биомедицинских технологий (БМТ). Такое сочетание отражает стратегическую технологическую тенденцию XXI века — BioInfoCognito (BIC), которая объединяет биотехнологии, информационные и когнитивные технологии.

13.10.2015 8 октября 2015 года в рамках Санкт-Петербургского международного инновационного форума состоялся семинар «Био- и хемоинформатика на службе фармацевтики». На семинаре обсуждались требования, предъявляемые к современным лекарственным препаратам, теоретические подходы, которые используются для их конструирования и идеи, положенные в основу методов создания новых препаратов с использованием современных информационных технологий.

С расширенными докладами выступили к. х. н. Елена Федорова (генеральный директор ООО «ВВС ЛАБ»), д. т. н. Вячеслав Дюк (научный руководитель компании «Дип Паттернс») и к. х. н. Андрей Худошин. (директор направления химико-биологических решений Elsevier S&T в России и странах СНГ).

Доклад В. Дюка был посвящен проблемам и перспективам методов для создания моделей прогнозирования свойств биологической активности химических соединений и отбора соединений-лидеров. Акцент в докладе был сделан на том, что результат применения известных математических методов для построения моделей структура-активность (SAR) нередко бывает недостаточно точен, так как эти методы не всегда адекватны структурной сложности объектов анализа (полиморфизму классов, структурной асимметрии классов, высокой размерности, разнотипности описания и др.). Кроме того, математические модели SAR часто не имеют интерпретации, что ограничивает возможности их использования для направленного дизайна лекарств. Наиболее адекватны структурной сложности объектов анализа алгоритмы поиска логических закономерностей в экспериментальных данных. Но реализация этих алгоритмов всегда связана с сильными ограничениями на глубину анализа, так как задача поиска так называемых «сильных» логических правил в данных является экстремальной комбинаторной задачей (NP-трудной).

В докладе были продемонстрированы на примерах преимущества инструмента DP4SAR, разрабатываемого компанией Дип Паттернс. В основе DP4SAR лежит метод структурного резонанса в многомерных данных SRMD. Метод SRMD существенно превосходит известные методы поиска логических взаимосвязей в данных из области машинного обучения по точности и глубине анализа. Важной особенностью является возможность естественной организации высокопараллельных вычислений, чем во многом определяется успешность применения метода в области Больших Данных (Big Data).

Участники семинара с интересом заслушали представленные доклады и приняли активное участие в обсуждении теоретических и практических аспектов применения методов био- и хемоинформатики для разработки лекарственных препаратов. Были намечены пути для построения дальнейшей взаимовыгодной кооперации.

09.10.2015 7 октября 2015 г. в Санкт-Петербурге состоялось награждение победителей Конкурса лучших инновационных проектов в сфере науки и высшего профессионального образования. Организатор конкурса — Комитет по науке и высшей школе Правительства Санкт-Петербурга.

Цель Конкурса — выявление и поддержка авторов (авторских коллективов), реализующих инновационные проекты в Санкт-Петербурге, в том числе представителей высших учебных заведений, научных организаций, других инновационно-активных организаций, расположенных на территории Санкт-Петербурга, стимулирование инновационной деятельности в Санкт-Петербурге.

В 2015 году Конкурс проводился по следующим номинациям:
— «Лучшая научно-инновационная идея»;
— «Лучшее инновационное бизнес-предложение»;
— «Лучший инновационный продукт».

Проект компании Дип Паттернс «Разработка продукта DeepDataDiver, реализующего технологию поиска скрытых закономерностей в многомерных данных с использованием эффекта информационного структурного резонанса» признан победителем в конкурсе в номинации «Лучший инновационный продукт».

Список победителей конкурса утвержден распоряжением Комитета по науке и высшей школе от 7.08.2015 г. № 84 в соответствии с решением совета Конкурса лучших инновационных проектов в сфере науки и высшего профессионального образования от 30.07.15 г.

06.05.2015 29 апреля 2015 года по инициативе Фонда перспективных исследований в Санкт-Петербургском институте информатики и автоматизации РАН состоялся расширенный семинар «Современное состояние и перспективы развития отечественной гидробионики».

Цель семинара — формирование кооперации исполнителей проекта по обоснованию гидробионических принципов построения системы освещения подводной обстановки и созданию средств охраны морских акваторий в рамках гиперпроекта Фонда перспективных исследований «Гидробиоинформатика будущего».

Среди участников семинара — руководители и ведущие специалисты научных и проектно-конструкторских организаций Санкт-Петербурга и Москвы (СПИИРАН, ФГУП «ГосНИИПП», ИЭФБ РАН МГУ, СПбГУ, СПбГЭТУ (ЛЭТИ), ВУНЦ ВМФ «Военно-морская академия», Акустический институт имени академика Н. Н. Андреева, Институт океанологии им. П. П. Ширшова РАН, ОАО «ЦКБ МТ «Рубин», Институт физиологии им. А. П. Павлова РАН, ВНИИМ им. Д. И. Менделеева, ФГНУ «НИКТИ БТС» и др.).

На семинаре были обсуждены следующие вопросы:
− Современные тенденции развития гидробионики.
− Состояние отечественных гидробионических исследований.
− Оценка возможности развития морской робототехники с использованием моделей биологических систем в интересах задач обороны и экологии.
− Разработка средств гидролокации и звукоподводной связи на базе исследований акустического аппарата морских животных и рыб.
− Использование морских млекопитающих в составе биотехнических устройств и систем для охраны портовых сооружений, морских объектов и акваторий.

В. А. Дюк выступил с докладом «Методы поиска закономерностей в многомерных нестационарных сигналах», в котором охарактеризовал историю и современное состояние вопроса по теме доклада в контексте гидробиоинформатики, сделал акцент на необходимости создания аналитической системы на основе хранилища данных, и презентовал инновационные технологии анализа больших данных (Big Data), разрабатываемые в ООО «Дип Паттернс».

Участники семинара выразили единодушное мнение об актуальности гиперпроекта Фонда перспективных исследований «Гидробиоинформатика будущего», наметили перспективные пути дальнейшего взаимодействия по формированию кооперации исполнителей проекта, приняли резолюцию о необходимости интенсивных научных исследований и разработки прорывных технологий в области гидробионики и гидробиоинформатики.

28.11.2014 17-18 ноября 2014 года с Санкт-Петербурге в отеле «Талион Империал» состоялся ежегодный международный партнеринг-форум «Life Sciences Invest. Partnering Russia». Этот форум объединил три основных направления сферы «наук о жизни» — фармацевтику, биотехнологию, радиологию и медицинскую промышленность. Основной задачей форума являлась поддержка федеральных инициатив по развитию фармацевтического рынка, как одного из ключевых направлений, создающих основу для динамичного экономического роста.

В работе Форума, который открыл губернатор Санкт-Петербурга Георгий Полтавченко, приняли участие ведущие представители органов государственного управления, научно-исследовательских центров и крупных фармацевтических компаний.

Дюк В. А., д. т. н., профессор, основатель и научный руководитель компании Дип Паттернс принял участие в работе тематической секции «Инновации в фармации», где выступил в докладом «Новые алгоритмы компьютерного дизайна лекарств» (New Algorithms for Computer Aided Drug Design). Тема выступления была посвящена фундаментальной научной проблеме и практической задаче современности — раскрытию закономерностей строения химических структур и взаимосвязей «структура-активность» (SAR) для направленного дизайна лекарств.

В докладе были охарактеризованы основные тенденции развития методов анализа информации в системно сложных областях, к которым относится хемоинформатика, раскрыты проблемы развития этого направления и презентован новый проект DP4SAR (Deep Patterns for SAR), разрабатываемый компанией Дип Паттернс совместно с учеными Санкт-Петербургской государственной химико-фармацевтической академии для биомедицинского кластера фонда «Сколково».

Организатор международного партнеринг-форума «Life Sciences Invest. Partnering Russia»: «Медико-фармацевтические проекты. ХХI век».

14.11.2014 17-18 ноября 2014 г. в Санкт-Петербурге (Талион Империал Отель) состоится IV международный партнеринг-форум “Life Sciences Invest. Partnering Russia”.

Дюк В. А., д. т. н., профессор, основатель и научный руководитель компании Дип Паттернс, вошел в состав президиума тематической секции «Инновации в фармации».

Это ежегодное событие, ставшее традиционной площадкой для делового общения, обмена опытом и установления сотрудничества, проходит в формате живого диалога между представителями фармацевтической отрасли, власти и бизнеса.

Организаторами Форума обеспечен высокий представительский уровень мероприятия.

В работе пленарного заседания примут участие ведущие представители органов государственного управления и научно-исследовательских центров:
— Г. С. Полтавченко, губернатор Санкт-Петербурга
— С. А. Цыб, заместитель Министра промышленности и торговли РФ
— Л. М. Огородова, заместитель Министра образования и науки РФ,
— И. Н. Каграманян, заместитель Министра здравоохранения РФ
— О. В. Фомичев, заместитель Министра экономического развития РФ
— Е. А. Максимкина, директор Департамента лекарственного обеспечения и регулирования обращения медицинских изделий Министерства здравоохранения РФ
— И. А. Наркевич, ректор ГБОУ ВПО «Санкт-Петербургская государственная химико-фармацевтическая академия» Министерства здравоохранения РФ
— О. И. Киселев, директор ФГБУ НИИ Гриппа Министерства здравоохранения РФ
— П. С. Каныгин, генеральный директор ФГУП «НПО „Микроген“» Минздрава России
— А. В. Некрасов, председатель Совета Директоров НПО «Петровакс Фарм».

В соответствии с Программой пленарного заседания Форума состоится торжественное открытие образовательного и учебного корпуса СПХФА после реконструкции и технического перевооружения. Запланировано обсуждение перспектив развития инновационных центров разработки новых лекарственных средств.

Основная сессия форума будет посвящена вопросам перехода на стандарт GMP (Good Manufacturing Practice — надлежащая производственная практика — система норм, правил и указаний в отношении производства лекарственных средств, медицинских устройств, изделий диагностического назначения). Участники Форума обсудят актуальные проблемы регуляторики, обеспечения контроля качества, надзора в контексте перехода на стандарт GMP.

Помимо вышеперечисленных тематик, на мероприятии будет уделено внимание широкому спектру вопросов, связанных с актуальным состоянием и перспективами развития рынков фармацевтики, биомедицины и медицинских услуг.

В рамках работы тематической секции «Инновации в фармации» Дюк В. А. выступит с докладом «Новые алгоритмы компьютерного дизайна лекарств (New Algorithms for Computer Aided Drug Design)», представив возможности применения инновационной технологии SRMD для решения задач обнаружения связей между структурой и свойствами химических соединений.

Организатор международного партнеринг-форума “Life Sciences Invest. Partnering Russia”: «Медико-фармацевтические проекты. ХХI век».
Официальный сайт мероприятия: lsipr.ru

30 октября 2014 г. в рамках XIV международной конференции «Региональная информатика (РИ-2014)» состоялось заседание секции «Информационные технологии в медицине и здравоохранении» (председатель секции д.т.н. В. А. Дюк, основатель и научный руководитель компании «Дип Паттернс»).

В работе секции приняли участие доктора и кандидаты технических, физико-математических и медицинских наук, а также студенты, магистры и аспиранты.

Выступили с докладами представители следующих организаций:
— Санкт-Петербургский институт информатики и автоматизации Российской академии наук.
— Российский научный центр радиологии и хирургических технологий Министерства здравоохранения Российской Федерации.
— Первый Санкт-Петербургский государственный медицинский университет им. акад. И. П. Павлова.
— Северный (Арктический) федеральный университет им. М. В. Ломоносова.
— Санкт-Петербургский государственный электротехнический университет «ЛЭТИ» им. В. И. Ульянова (Ленина).
— Санкт-Петербургский информационно-аналитический центр (СПб ИАЦ).
— Санкт-Петербургский государственный университет аэрокосмического приборостроения.
— Санкт-Петербургский государственный университет телекоммуникаций им. проф. М. А. Бонч-Бруевича.
— Институт физиологии им. И. П. Павлова Российской академии наук.

Открывая работу секции «Информационные технологии в медицине и здравоохранении», Дюк В. А. подчеркнул необходимость фундаментальных теоретических исследований в данной области.

Участники конференции обсудили актуальные вопросы и перспективы развития современной науки о живых системах. Было отмечено, что при анализе данных и моделировании живых систем и процессов требуется особенный подход и понимание специфики информационных явлений, характерных для таких систем.

Главным вектором развития отрасли, по заключению участников заседания, является разработка и внедрение инновационных подходов к анализу многоаспектных медико-биологических данных, учитывающих системную сложность объектов медико-биологических исследований.

В ходе беседы с участниками встречи Дюк В. А. рассказал о ведущихся инновационных разработках, отвечающих актуальным потребностям отрасли, участии в проекте Фонда «Сколково» (кластер информационных технологий).

XIV международная конференция «Региональная информатика (РИ-2014)» состоялась в Санкт-Петербурге под эгидой ЮНЕСКО при поддержке Правительства Санкт-Петербурга, Российской академии наук, Российской академии образования, Министерства образования и науки РФ, Министерства связи и массовых коммуникаций РФ и других учредителей.

6 октября 2014 г. в Санкт-Петербурге состоялась деловая встреча представителей научного руководства Санкт-Петербургской государственной химико-фармацевтической академии и ООО «Дип Паттернс».

Участники встречи обсудили актуальные вопросы, состояние и перспективы развития области компьютерного дизайна лекарств. Достигнута договоренность о совместном сотрудничестве в данной области.

Сегодня задачи установления зависимостей между структурой и свойствами веществ не только сохраняют свою актуальность, но и, более того, их значение неуклонно растет.

Эти задачи обозначаются SAR (Structure-Activity Relationship), QSAR (Quantitative Structure-Activity Relationship), QSPR (Quantitative Structure-Property Relationship). Решение указанных задач позволяет прогнозировать свойства новых химических соединений и реализовывать направленный молекулярный дизайн соединений с заданным набором свойств (в том числе компьютерный дизайн лекарств).

В ходе встречи д. т. н. Вячеслав Дюк (компания Дип Паттернс) рассказал о возможностях и преимуществах применения инновационной технологии SRMD для обнаружения связей «структура-свойство».

Как отметила Елена Федорова, к. х. н. (руководитель ОНИР Санкт-Петербургской химико-фармацевтической академии), корректные и эффективные решения задач SAR, QSAR и QSPR можно получить только при тесном взаимодействии химиков, биологов, математиков и программистов.

Подводя итоги, участники встречи приняли решение о разработке совместного проекта для биомедицинского кластера Фонда «Сколково».

23.09.2014  29-31 октября 2014 г. в Санкт-Петербурге состоится XIV международная конференция «Региональная информатика (РИ-2014)».

Дюк Вячеслав Анатольевич, доктор технических наук, основатель и научный руководитель компании Дип Паттернс, примет участие в работе конференции в качестве руководителя секции «Информационные технологии в здравоохранении».

Программа РИ-2014 охватывает широкий круг тематических направлений, отражающих различные сферы применения информационных технологий: экономика, управление, бизнес, производство, здравоохранение, транспорт, образование, сервис и т. д. Запланирована работа секций, в рамках которых будут обсуждены актуальные вопросы региональной политики информатизации, электронного правительства, информационной безопасности и права в области информатизации, а также секций молодежных научных школ.

Мероприятие организовано под эгидой ЮНЕСКО при поддержке Правительства Санкт-Петербурга, Российской академии наук, Российской академии образования, Министерства образования и науки РФ, Министерства связи и массовых коммуникаций РФ и других учредителей.

15-16 сентября 2014 г. в Санкт-Петербурге состоялся SAP Startup Forum, организатором которого выступила компания SAP, партнер Кластера информационных технологий Фонда «Сколково».

В мероприятии для стартапов, работающих в области больших данных (Big Data), принял участие генеральный директор компании Дип Паттернс Андрей Кончаков.

Темы, рассмотренные на Форуме, затрагивали актуальное состояние и тенденции развития индустрии больших данных. В ходе мероприятия была презентована SAP Startup Focus Program, а также представлена современная технологическая платформа SAP HANA.

По мнению Андрея Кончакова, генерального директора Дип Паттернс, использование этой платформы представляет интерес на определенных этапах развития продуктов Дип Паттернс. Вопросы, касающиеся технических аспектов интеграции технологии SRMD в инфраструктуру SAP HANA, были обозначены в беседе Андрея Кончакова с представителями израильской команды SAP.

Хочется также отметить хороший уровень организации и проведения Форума, а также поблагодарить специалистов компании SAP и ее партнеров за предоставленную развернутую информацию о программе поддержки стартапов.

Фотографии предоставлены SAP Labs СНГ.

11.09.2014  Компания «Дип Паттернс» получила свидетельство о присвоении статуса участника проекта создания и обеспечения функционирования инновационного центра «Сколково».

Наш проект, получивший положительное заключение экспертной коллегии кластера информационных технологий Фонда «Сколково», подразумевает разработку с последующим коммерциализацией программных продуктов, реализующих инновационную технологию Big Data to Knowledge (BD2K).

В основе технологии анализа больших данных, не имеющей мировых аналогов и получившей название Structural Resonance in Multidimensional Data (SRMD), лежат авторская концепция контекстно-зависимых локальных метрик и эффект структурного резонанса в многомерных данных (проф. В. А. Дюк).

Став частью команды «Сколково», наша компания планирует выйти на качественно новый уровень внедрения инновационной технологии SRMD, благодаря получению доступа к широкому спектру бизнес-возможностей, расширению международных контактов и других преимуществ, предоставляемых участникам проекта.  Мы поздравляем сотрудников компании «Дип Паттернс» со знаменательным событием и благодарим Фонд развития Центра разработки и коммерциализации новых технологий «Сколково» за оказанное доверие и поддержку.